XIX. yüzyıl İlber Ortaylı'nın nitelediği gibi gerçekten de uzun bir yüzyıl oldu. Yüzyıla ardı arkası kesilmeyen ıslahatlar ve milliyetçi isyanlar damgasını vurdu. Bilhassa Balkanlar, çok milliyetçi yapısı ve Düvel-i Muazzama denen İngiltere, Rusya, Fransa, Avusturya-Macaristan ve daha sonra Prusya'nın hedef sahasını oluşturması sebebiyle bölgede kargaşa dinmek bilmedi. Kargaşadan en fazla etkilenen yerlerin başında da Bosna Hersek yer almaktaydı. Özellikle Avusturya-Macaristan, Sırp, Karadağ ve Hırvatların nüfuz alanı içindeydi. Hükümet bu saldırılardan korunmak ve modern çağa ayak uydurmak için yüzyılın başından itibaren bir dizi yeniliklere girişti. Yenilikler başka milletlerin işine yaradığı gerekçesiyle Boşnaklar'ın tepkisini çekti. Onlar Yunanistan, Sırbistan ve Karadağ'daki gelişmelere bakarak aynı şeyin kendi başlarına gelmesinden korkarak katı bir muhafazakarlık geliştirdiler. Ne devlet onları ne de onlar devleti anladı. Yüzyılın ilk yarısı iki tarafın çatışmasıyla geçti. 1857'de bu kez Hıristiyanlar ortaya çıktı. Devlet yaklaşık 30 yıl da onlarla uğraştı ve nihayet 1878'de eyalet kaybedildi. Bu kez Boşnaklar 200 yıllık kabuslarıyla yaşamaya başladılar. Yüzyılın sonuna doğru siyası olarak örgütlendiler ve diğer milletlerle eşdeğer bir milli benlik gelişti. XX. yüzyıla bu şartlar altında girildi. Fakat Avusturya işgal ve ilhakı boyunca (1878-1918) Boşnaklar, Osmanlı Devleti'nin kendilerini kurtaracağına olan inançlarını hiçbir zaman yitirmediler. Osmanlı Devleti belki onları kurtaramadı ama onlar için daima güvenli bir barınak oldu. Aynı mirası Türkiye Cumhuriyeti de benimsedi. Türk-Boşnak kardeşliği günümüze kadar geldi.

Tanzimat Fermanı ile birlikte ilan edilen ilkeler her toplumsal grup tarafından farklı algılanmıştır. Hıristiyanlar, fermanı, özgürlüklerine giden bir araç olarak görürken, Müslümanlar kendi hak ve özgürlüklerinin gaspı olarak değerlendirmişlerdir. Bosna Hersek'in durumu, devletin diğer bölgeleriyle kıyaslanamayacak derecede nazikti. Bosna'da fetihle birlikte toplu bir İslamlaşma meydan gelmiş, bu hareketin mükâfatı olarak kendilerine bir takım ayrıcalıklar bahşedilmiştir. Tanzimat uygulandığı takdirde ayrıcalıklarını kaybedeceklerini düşünen Bosnalı Müslümanlar, ferman Bosna'ya ulaştığı andan itibaren muhalefete başlamışlardır. Özellikle vergi, askerlik ve hepsinden önemlisi Hıristiyanlarla eşitlik gibi hususlar onları rahatsız etmiştir. Gelişmeler, devlet ve Bosnalı Müslümanların bölgedeki otoritesini sarsan 1848-51 isyânı ile sonuçlanmıştır. İsyân sonrası devlet, Müslümanlar nezdinde tüm itibarını kaybederken, yüzyıllardır bölgenin hâkimi olduklarına inanan Müslümanlar ezilmiş ve eyaletteki üstünlükleri sona ermiştir. Bu durum Bosna'yı Sırp ve Karadağ yayılmasına açık hale getirmiştir(1).