Osmanlı medreseleri tarihi üzerine birinci el kaynaklara dayalı ilk ciddi çalışmayı -Osmanlı devlet teşkilatı konusunda olduğu gibi Osmanlı tarihinin geneli bakımından da- başlatan, rahmetli İsmail Hakkı Uzunçarşılı olmuştur. Onun 1965'te yayınlanan Osmanlı Devletinin İlmiye Teşkilâtı adlı eseri bu konunun da öncüsü olmuştur. Uzunçarşılı bu eserinde Osmanlı medreselerini daha çok "teşkilat" açısından değerlendirmiştir. Eserinin medreselere ayrılan seksen sayfalık kısmında İstanbul'un fethinden önceki dönemi çok kısa şekilde (2.5 sayfa) ele almış, ardından Fatih'in Sahn-ı Seman medreseleri ile Kanûni'nin Külliyesi'ndeki medreseleri, vakfiye metinleri, kronikler, bazı arşiv belgeleri ve öğrencilerine daha önce yaptırmış olduğu akademik ödevlere dayalı olarak incelemiştir. Uzunçarşılı eserinde, medreselerin derecelerini, hiyerarşik düzenlerini ve müderrislerin tayin ve terfi usullerini ele alarak üzerinde uzun uzadıya durmuş ve bu konulan geniş arşiv malzemelerine dayalı olarak irdelemiştir. Uzunçarşılı ayrıca, medreselerde okutulan dersleri ve ilgili diğer konuları toplu şekilde incelemiş ve onlar hakkında önemli bilgiler ve referanslar sunmuştur.

Osmanlı Devleti'nin ilmiye teşkilâtı, şimdiye kadar muhtelif cihetlerden tedkîk mevzûu edilmiş ve konuyla ilgili olarak çeşitli yayınlar yapılmış bulunmasına bu hususta bazen ilmî kriterleri aşarak subjektif duyguların da işe karışması yüzünden lehte ve aleyhte birtakım görüşler ileri sürülmesine rağmen, altı yüzyılı mütecâviz târihî geçmişi bulunan böyle bir teşkilatın, hala incelenmeyi ve araştırılmayı bekleyen pek çok karanlık veya yeterince aydınlanmamış yönü bulunmaktadır. Binaenaleyh, bu tür meselelerin tamamını böyle bir yazıda ele almak mümkün olmadığı için, burada daha ziyâde tek bir konu üzerinde durmak istiyoruz: Bilhassa XVI. yüzyılın ikinci yarısından itibaren gittikçe artan bir şekilde ortaya çıkan pâyeler ve bu çıkışın arkasında yatan siyâsî, sosyal ve kültürel âmiller.