Fatma Hatun, Türkiye Selçuklu sultanlarından II. İzzeddin Keykâvus’un kızıdır. Selçuklu sultanlarından olan II. İzzeddin Keykâvus, Moğol tahakkümü devrinde Türkmenlerle birlikte hem kardeşine hem de Moğollara karşı Selçuklu ülkesinin, hanedan ailesinin ve Anadolu halkının bağımsızlığını korumak için türlü yollar aramış ancak başarılı olamayınca ülkesini terk ederek ailesiyle birlikte önce Bizans’a sonra da Altın Orda Hanlığına sığınmak zorunda kalmıştır. Muhtemelen babasıyla birlikte Konya’dan Kırım’a giden ya da Kırım’da dünyaya gelen Fatma Hatun’un hayatı birçok bilinmeyenle doludur. Buna rağmen onun Türkiye Selçuklu ülkesine döndüğü ve burada hem annesi ve kendisi hem de sütannesi için bir vakıf inşa ettirdiği ortadadır. Selçuklu ülkesinde saltanat kadınlarının kurdukları vakıfların türlerini, konumlarını, malzemesini, bu eserlerin kitâbe ve süslemelerini belirlemeleri, onların kendilerini nerede ve nasıl hangi araçlarla temsil etmek istediklerini açıkça göstermektedir. Bunun yanında, kadın vakıf kurucuların eserlerini yalnızca toplumun sosyal bir ihtiyacının karşılanması, mimari ve sanatsal bir değer ya da itibar meşruiyeti olarak değerlendirmek doğru değildir. Bu vakıflar, kadınlara Selçuklu döneminde atfedilmiş olan toplumsal değerlerin sonraki kuşaklara aktarılması bakımından da çok önemlidir. Dolayısıyla bu vakıf külliye, Fatma Hatun’un vakfettiği gelirlerle 20. yüzyılın başlarına kadar ekonomik işleyişini devam ettirmenin ve bir medeniyetin kültürel devamlılığını sağlamanın yanında Selçuklu hanedan ailesi ile ilgili birçok bilginin ortaya çıkmasına da imkân vermiştir.

1246 yılında onbir yaşında Türkiye Selçuklu tahtına çıkan II. İzzeddin Keykavus'un salatanat yılları kardeşleriyle mücadele içinde geçti. Özellikle kardeşi Kılıç Arslan'ın faaliyetleri karşısında ülkesini terk etmek zorunda kalan II. İzzeddin, ömrünü 17 yıl sürecek olan bir gurbet hayati ile noktaladı. 1261 yılında İstanbul'da lâtin hâkimiyeti sona ermiş, VIII. Mikhail Palaiologos (1259-1282) yeniden İstanbul'da Bizans tahtına kavuşmuştu. Daha önce Konya'ya giderek Keykavus tarafından iyi karşılanmış olan Mikhail, bu kez yanına gelen Keykavus'a hayli itibar gösterecektir.