Gedikkaya Mağarası, Bilecik ili İnhisar ilçesinin yaklaşık 1 km güneydoğusunda, Gedikkaya Mevkii’nde yer alan Gedikkaya Nekropolü içerisinde bulunmaktadır. Mağara, Epi-paleolitik, Neolitik ve Kalkolitik olmak üzere üç farklı dönemde yerleşime sahne olmuştur. Bunun yanı sıra düzensiz bir şekilde Hellenistik Dönem’e ait az sayıda ele geçen malzeme; mağaranın yer aldığı kayalık tepenin eteklerinde yer alan yerleşim yerinin sakinlerinin zaman zaman belli amaçlarla mağarayı ziyaret ettiğine işaret etmektedir. Karbon 14 yaş tayini analizlerinin sonuçlarına göre mağarada bugüne dek bilinen ilk yerleşim Epi-paleolitik Dönem’e denk gelen MÖ 14500’lere aittir. Mağaranın iskân edildiği en geç tarih ise Orta Kalkolitik Dönem’e denk gelen MÖ 4500’lerdir. Mağaradaki Epi-paleolitik Dönem buluntuları Avrupa Üst Paleolitik Dönem kültür öğeleri ile Anadolu ve Doğu Akdeniz’in Çanak Çömleksiz Neolitik kültürleri arasında bağlantılar olduğunu düşündürmektedir. Neolitik Dönem sonuna ait bulgular burada kısa süreli bir yerleşime işaret etmektedir; söz konusu kontekstlere ait tarihler, 8.2 ka olarak bilinen iklim olayına ve küresel soğumanın zirve yaptığı sürece denk gelmektedir. Kalkolitik Dönem’in ilk yarısı Gedikkaya’da mimarisi ile daha uzun süreli fakat sezonluk iskânın olduğu bir zaman dilimidir. Neolitik ve Kalkolitik Dönem buluntuları şaşırtıcı bir şekilde Balkanlar, Kafkaslar, Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu gibi uzak bölge kültürleriyle ortak öğeler içermektedir. Gedikkaya’daki iskân büyük oranda iklim olayları ile ilişkilendirilen ama yine de tam olarak kesinleşmemiş sebeplere bağlı “kültürel kırılmaların” olduğu dönemlere denk gelmektedir. Dolaysıyla barınma, yeni yer arayışı, güvenlik ve konaklama gibi çeşitli sebeplere bağlı bölgeler arası insan hareketliliğinin yaşandığı süreçlerde mağarada yerleşilmiştir.

Bornova Ovası’nın ortasında, Yeşilova Höyüğü kazı çalışmalarıyla birlikte Yassıtepe Höyüğü ve İpeklikuyu Höyüğü’nü de kapsayan, yaklaşık 1200 metre çapındaki alanda ‘İzmir’in Prehistorik Yerleşim Alanı’ ortaya çıkartılmıştır. Yaklaşık 70 bin metrekareden fazla bir alana yayılan Yeşilova Höyüğü’nde ilk yerleşimin günümüzden en az 8500 yıl önce Neolitik Çağ’ın başında başlamış olduğu, Neolitik Dönem’den Roma Dönemi’ne kadar birçok kültürün yaşadığı kazı çalışmaları sonucu ortaya konulmaktadır. Höyükteki ilk yerleşime ait kalıntı ve buluntular, bugünkü ova seviyesinin yaklaşık 4-5 metre altında killi ana toprağın üzerinde yer almaktadır. Yerleşimin kültür dolgusu ise yaklaşık 3-3,5 metredir. Kültür dolgusu 4 kültür katından oluşmaktadır. Kültür katları, yüzeyden başlayarak; I. Kat Roma Dönemi, II. Kat Tunç Çağ, III. Kat Kalkolitik Çağ (1-2 Tabakaları) ve IV. Kat Neolitik Çağ (1a,b,c-8 Tabakaları) olarak saptanmıştır. Dört kültür katında gelişim gösteren höyük genellikle tahribatlardan sonra yeniden inşa edildikleri anlaşılan 15 mimari kata sahiptir. Yeşilova Höyüğü’nde Neolitik Çağ’ın başında başlayan yerleşim, Neolitik Çağ’ın sonuna doğru en zengin dönemine ulaşmıştır. Neolitik yerleşimin MÖ 6000-5700 yılları arasındaki son dönemini temsil eden, kalıntılarıyla en çok verinin elde edildiği yerleşim katlarında, birbirlerinden ayrı inşa edilen mekânlarda genellikle gündelik yaşama ilişkin işlikler ortaya çıkartılmıştır. Yeşilova Höyüğü Geç Neolitik Dönem mimarisi Kıyı Ege kültürlerine özgü niteliklere sahiptir. Mimari özellikler ve plan bakımından İç Batı Anadolu’dan farklıdır.