Anadolu arkeolojisinde mağara içi yerleşim ve kültürlerinin araştırılma tarihi çok eskilere dayanmaktadır. 1845 yılında Yarımburgaz Mağarası’nın, 1945 yılında Karain Mağarası’nın keşfinin ardından; on bir yıl sonra (1956) Öküzini Mağarası kazılarının ve 1988 yılında Üçağızlı Mağarası’nda kazı çalışmalarının başlatılmasının ardından, 2007 yılında Suluin ve Direkli Mağarası kazılarının başlaması ile Anadolu arkeolojisinde mağara kazılarının sayısı tarihinde hiç olmadığı kadar artmıştır. 2015 yılında Keçe Mağara, 2017 yılında Kızılin, İnönü ve İnkaya Mağaraları, 2019 yılında Gedikkaya Mağarası, 2020’de Yusufun Kayası ve 2021’de Eşek Deresi Mağarası ve Ballık Mağarası kazıları bilim dünyasıyla buluşturulmuştur. Bütün bu mağara kazıları, Anadolu Paleolitiği ve ardından Epipaleolitik, Neolitik, Kalkolitik ve Erken Tunç kültürlerine ilişkin kanıtların açığa çıkarılmasını sağlamıştır. Ancak bunların içinde en uzun süreli olan üç mağara kazısı bulunmaktadır. Bunlar, Karain Mağarası, Öküzini Mağarası ve Direkli Mağarası’dır. Direkli Mağarası, Anadolu’nun en doğusunda kazısı gerçekleştirilen Epipaleolitik Dönem yerleşimine sahip mağaralardan biridir. Diğeri Yusufun Kayası Mağarası’dır. Jeostratejik konumu ve içinde barındırdığı kültürel tarihçe, Direkli Mağarası’nı batıdaki diğer mağara kazılarından bir dereceye kadar farklı kılmaktadır.

Gedikkaya Mağarası, Bilecik ili İnhisar ilçesinin yaklaşık 1 km güneydoğusunda, Gedikkaya Mevkii’nde yer alan Gedikkaya Nekropolü içerisinde bulunmaktadır. Mağara, Epi-paleolitik, Neolitik ve Kalkolitik olmak üzere üç farklı dönemde yerleşime sahne olmuştur. Bunun yanı sıra düzensiz bir şekilde Hellenistik Dönem’e ait az sayıda ele geçen malzeme; mağaranın yer aldığı kayalık tepenin eteklerinde yer alan yerleşim yerinin sakinlerinin zaman zaman belli amaçlarla mağarayı ziyaret ettiğine işaret etmektedir. Karbon 14 yaş tayini analizlerinin sonuçlarına göre mağarada bugüne dek bilinen ilk yerleşim Epi-paleolitik Dönem’e denk gelen MÖ 14500’lere aittir. Mağaranın iskân edildiği en geç tarih ise Orta Kalkolitik Dönem’e denk gelen MÖ 4500’lerdir. Mağaradaki Epi-paleolitik Dönem buluntuları Avrupa Üst Paleolitik Dönem kültür öğeleri ile Anadolu ve Doğu Akdeniz’in Çanak Çömleksiz Neolitik kültürleri arasında bağlantılar olduğunu düşündürmektedir. Neolitik Dönem sonuna ait bulgular burada kısa süreli bir yerleşime işaret etmektedir; söz konusu kontekstlere ait tarihler, 8.2 ka olarak bilinen iklim olayına ve küresel soğumanın zirve yaptığı sürece denk gelmektedir. Kalkolitik Dönem’in ilk yarısı Gedikkaya’da mimarisi ile daha uzun süreli fakat sezonluk iskânın olduğu bir zaman dilimidir. Neolitik ve Kalkolitik Dönem buluntuları şaşırtıcı bir şekilde Balkanlar, Kafkaslar, Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu gibi uzak bölge kültürleriyle ortak öğeler içermektedir. Gedikkaya’daki iskân büyük oranda iklim olayları ile ilişkilendirilen ama yine de tam olarak kesinleşmemiş sebeplere bağlı “kültürel kırılmaların” olduğu dönemlere denk gelmektedir. Dolaysıyla barınma, yeni yer arayışı, güvenlik ve konaklama gibi çeşitli sebeplere bağlı bölgeler arası insan hareketliliğinin yaşandığı süreçlerde mağarada yerleşilmiştir.