19. yüzyılın ikinci yarısında, Rus ve Çin işgali altındaki Türkistan toprakları, tarihinin en zor günlerini yaşamaktaydı. Batı Türkistan'da Özbekler, Kazaklar ve Kırgızlar Rus egemenliğine karşı mücadele verirken, Doğu Türkistan'daki Uygurlar, Dunganlar (Döngen-Huizu) ve diğer Türk ve Müslüman halklar benzer mücadeleyi Çin ordularına karşı yürütmekteydi. Söz konusu dönemde Doğu Türkistan arazisinde emperyalist politikaları gereği Rusya ve İngiltere'nin de faaliyetler yürüttüğü gözlemlenmiştir. Bu makalede, Hokant Hanlığı'ndan Kaşgar'a gelerek Yedişehir Devleti'ni kuran Yakup Bek'in, Doğu Türkistan'da verdiği bağımsızlık mücadelesi ve bu mücadeleye Batı Türkistan arazisinden göç etmek zorunda kalan Kazak ve Kırgız Türklerinin iştiraki, arşiv belgeleri ışığında incelenmeye çalışılacaktır.

Fergana Vadisinde çok eski zamanlardan beri çeşitli ırklara mensup birçok kavmin yaşadığı bilinmektedir. Araştırmalardan Fergana bölgesinde yaşayan etnik grupların arasında Türk unsurunun daha Usunlar devrinden itibaren etnik kimliğini koruyarak gittikçe daha geniş topraklara yayıldığı anlaşılmaktadır. Bu etnik süreç IX-XII. yüzyıllarda, özellikle Karahanlılar döneminde daha yoğun bir şekle gelerek bölgenin Türkleşmesi ve Türk dilinin galebe çalmasıyla sonuçlanmıştır. IX-XII. yüzyıllardaki Fergana Vadisinin etnik durumuna gelince vakıa şu ki, bölge ahalisinin bir kısmı Fars kökenli etnik gruplardan meydana gelmiştir. Fakat bu etnik gruplar da saf İranlılar olmayıp çoğu, uzun tarihi dönem içerisinde birbirini takip ederek bu topraklarda meydana gelen Türk hakimiyetleri dönemlerinde yer­leşmiş ve sonralan İslamiyeti kabul etmiş olan şehirli ve köylü yerleşik Müslüman Türklerden oluşmaktaydı. Öte yandan bu eski tarım bölgesi, etrafında bulunan Alay, Türkistan, Çatkal vs. sıradağlarının eteklerinde yaşayan yan göçebe-yan yer­leşik Türk boylarıyla çevrili olup, bu yarı göçebe Türk boyları ile yerleşik ahali ara­sında asırlar boyunca devam edip gelen sıkı kültürel ilişkiler mevcuttu. Elde ettiği­miz bilgilerden anlaşılan şu ki, bu bölgedeki Karluk, Kırgız, Yimek, Ezgiş, Yabaku, Yağma, Çigil, İlak gibi Türk boyları diğer Fars kökenli etnik gruplar ile birlikte Fergana ahalisinin etnik terkibini oluşturmuşlardır. Fakat Fergana'daki siyasi haki­miyet, etnik ve kültürel üstünlük Karluklar'ın elinde bulunmaktaydı. Görüldüğü gibi Maveraünnehr'in her tarafında, özellikle bölgenin doğu kısmını oluşturan Fergana, Şaş, İlak ve Usruşana'da Türkler İran menşeli kavimler ile karışık durumda ama çoğunlukta idi. Bu durum doğal olarak bölgenin Kara Hanlılar tarafından fethini daha da kolaylaştırmış ve dil, kültür itibariyle tamamen Türkleşmesini sağlamıştır.